csvファイル(カンマ区切りファイル)をエクセルで開くと、
先頭のゼロが消えたり、勝手に日時に変換されたり面倒です。
それを理解した上で、
文字列として開いてくれたり、いっそのことメモ帳で開いてくれるとたすかるのですが・・・
csvでファイルを作成すること自体、一般的にはエクセルで開くことを想定しています。
また、エクセルで確認してもらうこと自体、開発者だけでなく、システムに詳しくない一般ユーザーを想定することになります。
結論からいいますと、
="000000999",="000000999",="000000999"
のようにイコール+ダブルクォーテーションで囲むとすれば解決です。